Con Resolución Nro. 231/UNA, de fecha 6 de febrero de 1961, se anuncia la creación de la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Agraria La Molina, oficializando el acuerdo tomado en el Consejo Universitario del 13 de enero del mismo año, quedando conformada por los Departamentos de Biología, Matemática; Química, Física y Meteorología.

A lo largo de su historia han asumido la responsabilidad del Decanato 16 profesionales docentes de diferentes especialidades, siendo el Primer Decano el Méd. Vet. Federico Anavitarte, desde su creación la Facultad de Ciencias ha tenido que enfrentar el doble compromiso, la formación en ciencias básicas (casi todas experimentales) de todos los alumnos de la Universidad Nacional Agraria y también la administración de las carreras que imparte, las que en la actualidad son Biología e Ingeniería Ambiental. La carrera profesional de Biología se inicia el año 1962, posteriormente en el año 1973 se aprueba el currículo de Meteorología, luego en el año 1996 se aprueba el currículo de Ingeniería Ambiental y a partir de 1997, no se abren vacantes para la carrera de Meteorología hasta la fecha. El año 1992 se realiza una actualización curricular, para las carreras de Biología y Meteorología.